jardenberg unedited

Jag gillar att utforska vad transparensen kan göra för oss. Jag ser ingen som helst motsättning mot att vara en hårdnackad FRA-motståndare å ena sidan, och kontinuerligt gå längre och längre med den självvalda transparensen å andra sidan. Testar ju med min kalender, min vikt, mina inköp och mycket annat.

Via min profilsida på tjänsten 23andMe går det inte att göra sig så transparent som jag skulle önska. På goda grunder, de flesta anser säkert att det är hål i huvudet att publicera över 14 miljoner rader med SNP-data. Min genotyp/genom i rådata-form, alltså. Så här ser jag ut, förenklad i bildform:

En illustration av min genotyp, hämtad från 23andMe

För den som vill gräva vidare finns här en zip-fil på 5MB och samma data som okomprimerad text (14MB, över 14 miljoner rader). Så här inleds textfilen:

# This data file generated by 23andMe at: Sun Mar 28 04:27:41 2010
#
# Below is a text version of your data. Fields are TAB-separated
# Each line corresponds to a single SNP.  For each SNP, we provide its identifier
# (an rsid or an internal id), its location on the reference human genome, and the
# genotype call oriented with respect to the plus strand on the human reference
# sequence.     We are using reference human assembly build 36.  Note that it is possible
# that data downloaded at different times may be different due to ongoing improvements
# in our ability to call genotypes. More information about these changes can be found at:
# https://www.23andme.com/you/download/revisions/
#
# More information on reference human assembly build 36:
# http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9606&build=36
#
# rsid	chromosome	position	genotype
rs3094315	1	742429	AA
rs12562034	1	758311	AG
rs3934834	1	995669	CC
rs9442372	1	1008567	AA
rs3737728	1	1011278	AG
rs11260588	1	1011521	GG
rs6687776	1	1020428	CC
rs9651273	1	1021403	AG
rs4970405	1	1038818	AA
rs12726255	1	1039813	AA

Vore fantastiskt spännande om någon hittade någon nytta med min publicerade data – antingen praktiskt eller teoretiskt. Om inte annat så lovar jag att själv återkomma när jag stämt av med min granne här hemma, smartskalle och forskare inom precis det här området.

Uppdatering: Jag fick en fråga om licensen för mitt material på bloggen också gäller för min genotyp. Självklart. De två filerna du kan plocka hem är alltså fria att använda (även kommersiellt) enligt CC-BY. Men om du hackar loss så undanber jag mig alla försöka att checka in modifierad kod i mig ;)